La Sala de lo Contencioso-Administrativo estima el recurso de casación defendido por Godia Asesores Tributarios y fija doctrina sobre los efectos interruptivos de los procedimientos de comprobación en supuestos de sucesión universal.
La Sentencia del Tribunal Supremo nº 667/2026, de 29 de mayo de 2026, constituye un pronunciamiento relevante en materia de prescripción tributaria, devolución del IVA y operaciones de reestructuración empresarial.
La resolución estima el recurso de casación defendido por Godia Asesores Tributarios en nombre de una sociedad a la que la Administración había declarado prescrito su derecho a obtener una devolución del IVA correspondiente al cuarto trimestre de 2012.
El Tribunal Supremo casa la sentencia del Tribunal Superior de Justicia de Madrid y anula los actos administrativos que habían negado el derecho a obtener dicha devolución por entender que el plazo de prescripción había transcurrido.
La relevancia del pronunciamiento no se agota en el caso concreto. El Tribunal Supremo fija doctrina sobre si un procedimiento de comprobación comunicado a una sociedad sucesora, dirigido a comprobar obligaciones tributarias de una sociedad ya extinguida, puede interrumpir el plazo de prescripción del derecho de aquella a obtener una devolución tributaria.
La respuesta del Tribunal Supremo ha sido afirmativa, siempre que exista una conexión suficiente entre la actuación administrativa y la devolución solicitada: mismo tributo y mismo ejercicio.
La sentencia tiene especial interés para empresas y grupos societarios que hayan realizado operaciones de reestructuración empresarial y mantengan devoluciones tributarias, saldos de IVA o créditos fiscales vinculados a entidades transmitentes, absorbidas o extinguidas.
Una defensa sostenida hasta el Tribunal Supremo
Godia Asesores Tributarios ha dirigido la defensa del contribuyente desde la vía económico-administrativa hasta el recurso de casación ante el Tribunal Supremo.
Durante todo el procedimiento, la tesis defendida fue la misma: la Administración no podía negar eficacia interruptiva a un procedimiento de comprobación que ella misma había iniciado frente a la sociedad recurrente, en su condición de sucesora universal, y que afectaba al mismo tributo y ejercicio al que se refería la devolución solicitada.
El Tribunal Supremo acoge finalmente este planteamiento y fija una doctrina jurisprudencial de aplicación general.
El origen del litigio
El asunto parte de una autoliquidación del IVA, modelo 303, correspondiente al cuarto trimestre del ejercicio 2012, en la que la sociedad recurrente solicitó una devolución derivada de la normativa del impuesto.
El caso se enmarcaba en una operación de reestructuración empresarial, concretamente una fusión por absorción formalizada con anterioridad. Como consecuencia de dicha operación, la sociedad absorbente adquirió por sucesión universal el patrimonio, derechos y obligaciones de las sociedades absorbidas, que quedaron extinguidas sin liquidación.
Posteriormente, la Administración declaró prescrito el derecho a obtener la devolución solicitada.
Su criterio era que el plazo de cuatro años para reclamar el cobro de la devolución había transcurrido sin que constara ninguna causa de interrupción. Según la Administración, dicho plazo debía computarse desde la finalización del periodo de seis meses del que disponía la AEAT para practicar la devolución de oficio.
Sin embargo, durante ese mismo periodo, la propia Administración había iniciado un procedimiento de comprobación limitada dirigido a la sociedad recurrente en su condición de sucesora universal de una de las sociedades absorbidas.
Ese procedimiento se refería al IVA del ejercicio 2012 e incluía el cuarto trimestre.
La cuestión controvertida era, por tanto, si esa actuación administrativa interrumpía la prescripción del derecho a obtener la devolución.
El marco normativo: prescripción, devolución del IVA y reestructuraciones empresariales
La cuestión analizada por el Tribunal Supremo exigía conectar tres planos normativos.
En primer lugar, el régimen de prescripción del derecho a obtener devoluciones tributarias. La norma central era el artículo 68.4 de la Ley General Tributaria, que regula las causas de interrupción del plazo de prescripción del derecho a obtener devoluciones derivadas de la normativa de cada tributo.
En segundo lugar, el régimen propio de las devoluciones de IVA. En este tipo de supuestos, la devolución solicitada deriva de la mecánica del impuesto y de la existencia de un saldo a favor del contribuyente al término del periodo correspondiente.
Y, en tercer lugar, los efectos de la sucesión universal en determinadas operaciones de reestructuración empresarial. En el momento de la operación, el régimen de modificaciones estructurales se encontraba recogido en la Ley 3/2009, sobre modificaciones estructurales de las sociedades mercantiles. Actualmente, dicho régimen se recoge en el Real Decreto-ley 5/2023, que regula, entre otras operaciones, las transformaciones, fusiones, escisiones y cesiones globales de activo y pasivo.
Precisamente la dificultad del asunto estaba en determinar cómo debían coordinarse estas reglas: si una actuación administrativa de comprobación dirigida a una sociedad sucesora, como consecuencia de una operación de reestructuración empresarial, podía producir efectos interruptivos sobre el derecho de aquella a obtener una devolución tributaria.
El criterio de la Administración y del TSJ de Madrid
Tanto la Administración como el Tribunal Superior de Justicia de Madrid rechazaron el efecto interruptivo del procedimiento de comprobación, aunque desde enfoques distintos.
El TSJ de Madrid consideró que el procedimiento de comprobación se refería a un sujeto pasivo distinto, al comprobar obligaciones originariamente a cargo de la sociedad absorbida.
La AEAT, por su parte, centró su oposición en el objeto del procedimiento. Sostuvo que la comprobación limitada se refería a un periodo diferente y a deudas distintas de las que fundamentaban la devolución, por lo que no podía tener eficacia interruptiva.
El Tribunal Supremo corrige ambos planteamientos.
Respecto del argumento subjetivo, la Sala recuerda que la sociedad absorbida ya se había extinguido como consecuencia de la operación de reestructuración. Desde la inscripción de la operación, la sociedad absorbente había asumido los derechos y obligaciones de la absorbida por sucesión universal.
Por tanto, no podía tratarse a ambas sociedades como sujetos desconectados a estos efectos.
Respecto del argumento objetivo, el Tribunal Supremo analiza el contenido real del procedimiento de comprobación y concluye que afectaba al IVA del ejercicio 2012, incluyendo el cuarto trimestre, que era precisamente el periodo al que se refería la devolución solicitada.
La identidad de tributo y ejercicio resultaba determinante.
La sucesión universal no puede operar solo en perjuicio del contribuyente
Uno de los aspectos más relevantes de la sentencia es el tratamiento de la sucesión universal en el marco de las operaciones de reestructuración empresarial.
La Administración se había dirigido a la sociedad recurrente precisamente porque era sucesora universal de la sociedad extinguida. Esa condición justificaba que el requerimiento fuera válido y que la sociedad tuviera que atenderlo.
Sin embargo, cuando se trataba de valorar si ese mismo procedimiento había interrumpido la prescripción del derecho a obtener la devolución, la Administración pretendía negar relevancia a esa misma sucesión universal.
El Tribunal Supremo no acepta esa posición.
No puede invocarse la sucesión universal únicamente para exigir obligaciones a la sociedad sucesora y desconocerla después cuando sus efectos pueden resultar favorables para el contribuyente.
La sentencia refuerza así una idea esencial: las actuaciones administrativas deben analizarse de forma coherente con la realidad jurídica de la operación de reestructuración y con los efectos propios de la sucesión universal.
La doctrina fijada por el Tribunal Supremo
El Tribunal Supremo establece la siguiente doctrina jurisprudencial:
La tramitación por la Administración Tributaria de un procedimiento de comprobación o investigación, tanto de gestión como de inspección, comunicado a una sociedad absorbente y dirigido a comprobar las obligaciones tributarias a cargo de la sociedad absorbida —disuelta sin liquidación, de la que la absorbente es sucesora universal—, interrumpe el plazo del que dispone la sociedad absorbente para obtener las devoluciones derivadas de la normativa de cada tributo, cuando el procedimiento de comprobación o investigación tributaria incluye dentro de su objeto el tributo y el ejercicio a que se refería la solicitud de devolución.
Aunque la doctrina se fija en el marco concreto de una fusión por absorción, su interés práctico se proyecta sobre el análisis fiscal de las operaciones de reestructuración empresarial en las que existe sucesión universal, transmisión de derechos y obligaciones, sociedades extinguidas y devoluciones tributarias pendientes.
La doctrina es favorable al contribuyente, pero no ilimitada.
El efecto interruptivo exige una conexión real entre el procedimiento de comprobación y el derecho de devolución afectado. Debe existir coincidencia entre el tributo y ejercicio comprobado y el tributo y ejercicio al que se refiere la devolución.
Si la comprobación se refiriera a otro impuesto o a otro ejercicio, la conclusión podría ser distinta.
Por tanto, el Tribunal Supremo no establece una regla automática, sino una doctrina técnicamente precisa: cuando la Administración comprueba el mismo tributo y ejercicio al que se refiere la devolución solicitada, esa actuación puede interrumpir la prescripción del derecho a obtenerla.
Relevancia práctica para empresas y grupos societarios
La sentencia tiene especial interés para empresas que hayan participado en operaciones de reestructuración empresarial.
En este tipo de operaciones es frecuente que, tras la extinción o transmisión de una sociedad o rama de actividad, subsistan devoluciones tributarias pendientes, saldos de IVA, créditos fiscales o procedimientos de comprobación vinculados a ejercicios anteriores o coincidentes con la operación.
La doctrina fijada por el Tribunal Supremo puede resultar relevante cuando concurran, entre otros, los siguientes elementos:
- una operación de reestructuración empresarial con sucesión universal;
- una sociedad sucesora que asume derechos y obligaciones de una entidad extinguida o transmitente;
- una solicitud de devolución tributaria presentada por la sociedad sucesora;
- un procedimiento de comprobación o investigación referido a obligaciones de la sociedad extinguida o transmitente;
- una comunicación dirigida a la sociedad sucesora en tal condición;
- coincidencia entre el tributo y ejercicio comprobado y el tributo y ejercicio al que se refiere la devolución;
- una declaración administrativa de prescripción que no haya tenido en cuenta ese procedimiento como causa interruptiva.
En estos supuestos, la sentencia ofrece una base sólida para revisar si la declaración de prescripción realizada por la Administración es jurídicamente sostenible.
Un pronunciamiento que ya anticipamos
Este pronunciamiento da continuidad al análisis que publicamos en este blog cuando el Tribunal Supremo admitió el recurso de casación a trámite.
En aquel momento advertíamos de la relevancia de la cuestión planteada y de su impacto potencial sobre contribuyentes que hubieran atravesado operaciones de reestructuración con devoluciones tributarias pendientes.
La sentencia ahora dictada confirma esa valoración.
Puede consultarse nuestro análisis previo aquí: El Tribunal Supremo admite un recurso de casación sobre la prescripción del derecho a devolución del IVA.
Conclusión
La Sentencia nº 667/2026 del Tribunal Supremo es un pronunciamiento relevante para empresas que hayan participado en operaciones de reestructuración empresarial y mantengan devoluciones tributarias, saldos de IVA o créditos fiscales vinculados a sociedades extinguidas, absorbidas o transmitentes.
La doctrina fijada refuerza una idea esencial: la prescripción tributaria no puede aplicarse de forma automática ignorando las actuaciones que la propia Administración ha desarrollado.
Cuando existe una conexión real entre el procedimiento de comprobación y el derecho de devolución afectado, esa conexión debe reconocerse también a favor del contribuyente.
En Godia Asesores Tributarios contamos con amplia experiencia en el asesoramiento fiscal de operaciones de reestructuración empresarial y en la defensa de contribuyentes ante la Administración tributaria, los tribunales económico-administrativos, los tribunales superiores de justicia y el Tribunal Supremo.
Este asunto refleja la importancia de una defensa técnica rigurosa, sostenida y orientada a preservar los derechos del contribuyente en procedimientos tributarios complejos.